《金田一少年事件簿：恶魔之杀人航海》的舞台是一艘航行在太平洋上的豪华客船“爱丽丝号”，故事讲述在这个可看作是巨大的密室的客船上发生了神秘的连续杀人事件，而作为打工仔登上客轮的金田一则将通过调查找出杀人真凶。调查的基本步骤是与船上人员们进行交谈，从中找出关于事件的情报以及众人的人际关系，有些看上去微不足道的情报确实与案情有着重大连续，一定要与相关人士全员进行交谈。当游戏进行到重要情节时，玩家可以使用触控笔对画面进行“调查”，从中找出证据，并通过些证据来解开谜底。